Исчезновение Харухи Судзумии

Наступает середина декабря, и глава бригады [[SOS]] Судзумия Харухи [涼宮 ハルヒ] объявляет о том, что Рождество они проведут в комнате клуба за рождественским ужином. Все члены SOS начинают приготовления. 
Спустя пару дней по дороге в школу Кён начинает замечать странности: не вяжется разговор с Танигути, тот внезапно заболел и не помнит вчерашнего разговора. В классе нет Харухи, а Рёко Асакура ожила и сидит на её месте, разговаривая с Кёном как ни в чём не бывало. Микуру Асахина не узнает Кёна, а Нагато [長門 有希] – обычная девушка и единственный член литературного клуба.
Ни бригады SOS, ни Харухи в этой школе никогда не существовало...