Последняя фантазия: Духи внутри

События разворачиваются в недалеком будущем.
После падения на Землю метеорита, на планете стали происходить странные смерти. Вскоре выясняется, что виной всему принесенные метеоритом то ли призраки, то ли души существ, названных «Фантомами». Их родная планета была уничтожена, и, блуждая, ее осколок попал на Землю.
Люди, которых касаются Фантомы, погибают. Но на Земле еще есть города и поселения, окруженные энергетическими барьерами, которые способны противостоять фантомам — здесь люди борются над проблемой выживания человечества.
Судьба мира в руках горстки смельчаков — ученой Аки Росс, доктора Сида [シド博士] и капитана техноспецназа Эдвардса [グレイ・エドワーズ].
В течение всего сюжета происходит противостояние ученых и военных в вопросе способа ликвидации Фантомов и победы в войне.